По ходатайству Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла положения нового закона не применяются к государственному надзору и контролю за исполнением законодательства Российской Федерации о свободе совести, свободе вероисповедания и о религиозных объединениях (подпункт 13) пункта 5 статьи 2 закона).
Контроль и надзор за деятельностью религиозных организаций осуществляется исключительно в порядке, предусмотренном положениями главы IV Федерального закона № 125-ФЗ «О свободе совести и о религиозных объединениях» (в 2015 году данная глава доработана до полностью приемлемой для Церкви редакции, допускающей отчетность перед органами юстиции и проведение проверочных мероприятий исключительно в отношении тех религиозных организаций, которые имеют зарубежные источники финансирования).
Закон также не распространяется на мероприятия по контролю за соблюдением требований к антитеррористической защищенности объектов (территорий), которые применительно к объектам религиозного назначения будут по-прежнему осуществляться в порядке, установленном постановлением Правительства РФ от 05.09.2019 № 1165 «Об утверждении требований к антитеррористической защищенности объектов (территорий) религиозных организаций и формы паспорта безопасности объектов (территорий) религиозных организаций».
Подпунктом 4) пункта 1 статьи 29 закона установлено, что уполномоченный инспектор при проведении мероприятий по контролю (надзору) обязан не допускать проявление неуважения в отношении богослужений, других религиозных обрядов и церемоний, не препятствовать их проведению, а также не нарушать внутренние установления религиозных организаций.
Федеральный закон вступает в силу с 1 июля 2021 года, за исключением отдельных положений, вступающих в силу в 2022 году.
